Aventures Humaines #3

Microbes : les bases de la vie

AVENTURES HUMAINES #3

Il est des mots qui ont mauvaise réputation.
Microbe en fait incontestablement partie.
Microbe : maladie.Microbe : infection.Microbe : saleté.
Il faut désinfecter, aseptiser, éliminer.
Et pourtant…
Si nous pouvions remonter suffisamment loin dans l'histoire de la Terre, bien avant les arbres, les poissons, les insectes et les animaux, bien avant nous évidemment, nous rencontrerions déjà… des microbes.
Pendant l'immense majorité de l'histoire du vivant, la vie sur Terre fut exclusivement microbienne.
Et peut-être avons-nous commis une erreur fondamentale en imaginant l'évolution comme l'histoire d'organismes de plus en plus complexes ayant progressivement laissé derrière eux ces formes primitives.
Car elles ne sont jamais parties.
Elles sont partout.
Dans la terre.Dans l'eau.Dans l'air.Sur les plantes.Sur notre peau.Dans notre bouche.Dans notre intestin.
Et en nous.
On estime aujourd'hui qu'un adulte possède environ 30 000 milliards de cellules humaines et autour de 38 000 milliards de bactéries.
Nous ne sommes donc pas simplement un organisme entouré de microbes.
Nous sommes un écosystème.

Et l'histoire devient encore plus étrange lorsqu'on regarde à l'intérieur de nos propres cellules.
Prenez les mitochondries.
Ces minuscules structures produisent l'essentiel de l'énergie dont nos cellules ont besoin.
Sans mitochondries, pas de cerveau humain, pas de muscles, pas de pensée permettant d'écrire ou de lire ce texte.
Mais les mitochondries ont une histoire étonnante.
Il y a probablement plus d'un milliard d'années, une cellule ancestrale a intégré une bactérie.
Elle ne l'a pas détruite.
La bactérie ne l'a pas tuée.
Elles ont coopéré.
Puis elles sont devenues progressivement indissociables.
Cette ancienne bactérie est devenue la mitochondrie.
Nous portons donc, dans pratiquement chacune de nos cellules, la trace d'une très ancienne rencontre entre deux êtres vivants.
Et ce n'est pas un détail de l'évolution.
C'est l'un des événements qui ont rendu possible la complexité extraordinaire de la vie animale.
Même les plantes racontent une histoire comparable : leurs chloroplastes, qui permettent la photosynthèse, proviennent eux aussi d'anciennes bactéries intégrées à d'autres cellules.
La vie complexe semble donc avoir appris très tôt une chose que nous oublions parfois :
évoluer ne consiste pas seulement à combattre. Cela consiste aussi à s'associer.

Et voilà que notre vieille représentation du microbe ennemi commence sérieusement à vaciller.
Certaines bactéries intestinales nous aident à digérer ce que nous ne saurions digérer seuls.
D'autres fabriquent ou participent à la production de molécules dont nous avons besoin.
Elles dialoguent avec notre système immunitaire.
Elles participent à l'éducation de celui-ci.
Notre peau elle-même héberge des communautés microbiennes qui participent à son équilibre.
Nous ne vivons donc pas malgré les microbes.
Dans une certaine mesure, nous vivons grâce à eux.
Bien sûr, certains peuvent nous tuer.
Mais réduire le monde microbien à la maladie reviendrait un peu à définir l'humanité uniquement à partir de ses meurtriers.

Il y a même quelque chose d'intime dans cette cohabitation.
Chacun de nous possède un microbiote particulier, influencé notamment par son alimentation, son environnement, son âge, ses rencontres, ses médicaments et son mode de vie.
Même notre odeur corporelle résulte en partie du travail des bactéries qui vivent sur notre peau et transforment les substances présentes dans notre transpiration.
Alors, lorsque quelqu'un dit :
« Celui-là, je ne peux pas le sentir ! »
… la langue populaire est peut-être moins métaphorique qu'elle n'en a l'air.
Nous nous rencontrons aussi avec nos microbes.

Mais l'histoire la plus extraordinaire est peut-être encore ailleurs.
Dans notre propre ADN.
Au cours de l'évolution, certains rétrovirus ont infecté les cellules germinales de nos lointains ancêtres.
Leur matériel génétique s'est alors intégré à leur génome.
Et puisque cette modification touchait les cellules permettant la reproduction, elle a été transmise aux descendants.
Puis aux descendants des descendants.
Pendant des millions d'années.
Aujourd'hui encore, environ 8 % de notre génome est constitué de séquences provenant de ces anciens rétrovirus.
On les appelle les rétrovirus endogènes humains : HERV.
Autrement dit :
une partie de ce que nous appelons « notre » ADN est d'origine virale.
Et l'évolution a parfois fait quelque chose de prodigieux avec ces anciens envahisseurs.
Elle les a recyclés.

L’exemple, que je dois à mon ami Olivier Soulier, grand spécialiste de psychosomatique et homéopathe, des syncytines est fascinant.
La Syncytine-1 provient d'un ancien rétrovirus de la famille HERV-W.
À l'origine, la protéine d'enveloppe du virus lui permettait notamment de fusionner avec une cellule pour l'infecter.
Des millions d'années plus tard, notre organisme utilise cette ancienne capacité virale de fusion… pour fabriquer une partie essentielle du placenta.
Des cellules appelées trophoblastes fusionnent entre elles pour constituer le syncytiotrophoblaste, cette extraordinaire interface entre la mère et le fœtus permettant notamment les échanges d'oxygène et de nutriments.
D'autres protéines d'origine rétrovirale, dont la Syncytine-2, semblent également participer aux mécanismes complexes permettant la tolérance immunitaire à l'interface materno-fœtale.
Un virus ancestral.
Une infection.
Son ADN intégré dans celui de nos ancêtres.
Puis, des millions d'années plus tard, l'évolution transforme une ancienne arme virale en outil participant à la construction du placenta.
Il y a quelque chose de vertigineux là-dedans :
une trace d'ancienne infection participe aujourd'hui à rendre possible notre venue au monde.

Tout cela change nécessairement notre manière de regarder la santé.
Il serait pour le moment sûrement exagéré de prétendre que derrière toute maladie se cache nécessairement un microbe.
Une fracture n'est pas une infection. Une maladie génétique ne se réduit pas à une bactérie. Et nombre de maladies ont des causes multiples.
Mais nous découvrons progressivement que les communautés microbiennes peuvent intervenir dans des domaines que nous pensions autrefois très éloignés d'elles :
immunité, inflammation, métabolisme, réponse aux médicaments… et même fonctionnement cérébral.
C'est notamment le fameux axe intestin-cerveau.
L'intestin possède son propre système nerveux et communique en permanence avec le cerveau par des voies nerveuses, immunitaires, hormonales et métaboliques.
Et les microbes participent à cette conversation.

Certaines expériences sont stupéfiantes.
La transplantation de microbiote fécal consiste à transférer une communauté microbienne intestinale d'un individu à un autre.
Cela peut sembler pour le moins rustique.
Pourtant, cette approche est devenue un véritable traitement médical, notamment contre certaines infections récidivantes à Clostridioides difficile.
Et chez l'animal, les expériences vont encore plus loin.
Lorsque l'on transfère certains microbiotes à des souris, on peut observer des modifications de leur métabolisme mais aussi, dans certains modèles expérimentaux, de certains comportements.
Cela ne signifie évidemment pas :
« telle bactérie rend agressif ».
Le cerveau reste infiniment plus complexe.
Mais cela signifie quelque chose de peut-être plus intéressant :
ce que nous appelons « moi » ne s'arrête peut-être pas aussi nettement aux frontières que nous lui imaginions.

Et c'est ici que je me permettrai une analogie — poétique cette fois, symbolique surtout et non scientifique ( pour l’instant en tout cas ) .
Jung imaginait l'existence d'un inconscient collectif : une profondeur psychique qui dépasse l'histoire individuelle et dans laquelle nous plongeons nos racines.
Notre microbiote intestinal m'évoque parfois une étrange image biologique de cette idée.
Des milliards d'êtres invisibles.
Présents avant nous.
Reçus en partie du monde qui nous entoure.
Modifiés par notre histoire.
Échangeant des informations avec notre organisme.
Agissant parfois sans que notre conscience en sache quoi que ce soit.
Nous croyons être seuls à l'intérieur de notre peau.
Nous ne l'avons jamais été.

Et la boucle devient particulièrement intéressante lorsque nous revenons à quelque chose d'extrêmement banal :
manger.
Ce que nous mangeons nourrit notre organisme.
Mais cela nourrit également certaines populations microbiennes plutôt que d'autres.
Notre alimentation transforme donc notre microbiote.
Notre microbiote produit à son tour des molécules capables d'interagir avec notre métabolisme, notre système immunitaire et notre système nerveux.
Et notre état psychologique influence lui-même nos choix alimentaires, notre digestion, notre sommeil et notre comportement.
Corps.
Microbes.
Alimentation.
Environnement.
Psychisme.
Tout recommence à communiquer.
Et peut-être retrouvons-nous ici l'une des idées qui traversera ces Aventures humaines :
nous découpons le vivant pour pouvoir l'étudier.
C'est nécessaire.
Mais le vivant, lui, ne connaît pas nos découpages.
Il fonctionne en réseaux.
En échanges.
En coopérations.
En conflits aussi.
En équilibres sans cesse reconstruits.
Peut-être sommes-nous beaucoup moins des individus isolés que nous ne l'imaginions.
Peut-être sommes-nous des écosystèmes humains.
Et finalement, après plusieurs milliards d'années d'évolution, la vie semble nous murmurer quelque chose d'assez simple :
vivre, c'est aussi vivre ensemble.

A suivre…

Yoann Fleurice